Trường có cơ sở vật chất, trang thiết bị máy móc kỹ thuật cao nhằm phục vụ cho công tác giảng dạy, nghiên cứu khoa học và phục vụ khám chữa bệnh như: Máy siêu ân màu, máy ghi điện não đồ, máy Lazer CO2, máy tán sỏi kỹ thuật cao, Labo sinh học phân tử,.. Trường có khu mới xây dựng với tòa nhà 15 tầng khang trang hiện đại gồm có: Giảng đường, văn phòng, phòng thí nghiệm. Bên cạnh đó Trường còn có Bệnh viện Đại học Y Hải Phòng hiện đại có nhiệm vụ là đào tạo, nghiên cứu khoa học và chăm sóc sức khỏe nhân dân với 28 khoa phòng, 177 cán bộ nhân viên. Tổng số giường bệnh nội trú là 150 giường, phấn đấu 2020 đạt 400 giường.

Trường đại học Y Dược Hải Phòng còn có hệ thống các khu giảng đường đặt tại các Bệnh viện thực hành ở khu vực Hải Phòng: Bệnh viện Hữu nghị Việt – Tiệp, Bệnh viện trẻ em Hải Phòng, Bệnh viện Phụ sản, Bệnh viện Lao và Bệnh Phổi, Bệnh viện Kiến An,… đây là nơi phục vụ giảng dạy cho sinh viên khi đi thực hành lâm sàng. Một số cơ sở kinh doanh, sản xuất dược có đủ điều kiện (bao gồm Công ty Nipro Pharma của Nhật Bản tại khu công nghiệp VSIP Hải Phòng) cũng được chọn làm cơ sở thực hành cho sinh viên Dược.

Trường đại học Y Dược Hải Phòng đã và đang mở rộng địa bàn thực hành cho sinh viên, như tăng cường cho sinh viên thực tập tại Bệnh viện Việt Nam Thụy Điển Uông Bí. Các bệnh viện đa khoa ở 2 tỉnh Hải Dương, Quảng Ninh cũng đã được chính thức công nhận là bệnh viện thực hành. Trường hiện đang tiếp tục mở rộng cơ sở thực hành cho học viên sau đại học tại một số bệnh viện tuyến cuối ở Hà Nội, trước hết phục vụ nâng cao chất lượng đào tạo sau đại học và nghiên cứu khoa học.

Trên cơ sở hợp tác quốc tế rộng rãi, Trường đang tạo thêm các cơ hội cho giảng viên, học viên sau đại học được đi thực tập ngắn hạn, tiếp cận với thực hành y học tiên tiến và thực hiện các hợp tác nghiên cứu với một số Trường đại học, Viện nghiên cứu lớn trên thế giới.